Uzvārds "Šimkune" ir baltu izcelsmes, visbiežāk sastopams Lietuvā. Tas cēlies no personvārda "Šimkus" vai "Šimkūnas", kas ir Saules vārda "Šimona" lietuviešu dialektālās formas. Uzvārds varētu būt radies kā patronīms, apzīmējot "Šimka (Šimona) dēls".
Slaveni cilvēki ar šo uzvārdu:
1. Jonas Šimkūnas — 20. gadsimta sākuma lietuviešu politiķis, publicists un sabiedrisks darbinieks.
2. Viktoras Šimkūnas — lietuviešu futbolists, spēlējis aizsarga pozīcijā.
3. Algimantas Šimkūnas — lietuviešu futbolists un trenis.
Uzvārds galvenokārt vēsturiski koncentrēts Lietuvā, un tā nesēji bieži saistīti ar sportu, kultūru vai sabiedrisko darbību reģionā.