Uzvārds "Rugena" latviešu onomastikā cēlies no vārda "rugene" — senā apzīmējuma par Rīgas līča salu Rūgeni (vāciski Rügen). Tas norāda uz cilvēka saistību ar šo vietu, piemēram, kā ciltsvārdu vai pēcnācēju no turienes. Vēsturiski šādi uzvārdi veidojušies, lai identificētu personas pēc dzimtas vai izcelsmes vietas.
Slaveni cilvēki ar uzvārdu "Rugena":
1. Andrejs Rūgena — latviešu rakstnieks un tulkotājs (19. gadsimts).
2. Jānis Rūgena — latviešu pedagogs un sabiedriskais darbinieks (19.–20. gadsimts).
Abi veicinājuši latviešu kultūras un izglītības attīstību savā laikā.